De l'utilité des paquets R dans Debian

Debian distribue le logiciel R pour faire des analyses statistiques, de la fouille de données, de la bioinformatique et d'autres tâches. Gravitant autour de R, existent des centaines de paquets de fonctions, principalement distribués par CRAN et Bioconductor, qui font toute la richesse de l'écosystème R. Debian redistribue certains de ces paquets au format Debian. Comme dans tous les cas similaires de « redistribution de distribution », il existe une tension entre les objectifs de Debian pour sa version stable et les attentes de nouveauté pour les utilisateurs (pour partie liés au cycle de développement de 6 mois de R), et l'on se demande parfois pourquoi utiliser les paquets Debian au lieu d'utiliser le directement le gestionnaire de paquet amont.

Aujourd'hui, après avoir installé un système minimal dans un conteneur « schroot », j'ai installé un paquet R et toutes ses dépendances nativement, c'est à dire en téléchargeant les sources via la ligne de commande de R, ce qui m'a fait poireauter 90 minutes le temps que tout compile, alors que les paquets R redistribués par Debian sont déjà pré-compilés. 90 minutes de compilation pour 10 minutes de travail; 90 minutes de compilation que j'aurais pu remplacer par quelques minutes avec quelques « apt install » bien placés. Merci à tout ceux qui maintiennent ces paquets R dans Debian !

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J'ai déménagé à Okinawa !

J'ai déménagé avec ma famille à Okinawa depuis août, dans le quartier d'Akano, ville d'Uruma. Nous sommes arrivés à temps pour vois plusieurs eisaa, des danses traditionnelles faisant usage d'un grand nombre de tambours, ayant souvent lieu vers la fin de mois d'août. Chaque quartier a sa propre troupe et nous espérons pouvoir nous y joindre pour l'année prochaine.

Nous habitons dans un immeuble avec une connexion en fibre optique partagée. Bon ping vers la métropole, mais le débit pour les gros téléchargements est catastrophique le soir quand toutes les familles sont connectées en même temps. Impossible de réussir un simple sbuild-update -dragu unstable, alors je n'ai malheureusement pas réussi à contribuer qui que ce soit à Debian. C'est frustrant mais il y a peut-être des solutions à chercher du côté de notre forge GitLab.

Côté travail, j'ai rejoint l'université Okinawa Institute of Science and Technology OIST. C'est un endroit formidable, ouvert au public même le week-end (notez les horaires du café). Si vous venez le visiter, faites-moi signe !

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Imprimer avec Brother sur Debian

J'ai tourné en rond pendant plus d'une heure, avant de finir par comprendre qu'il faut aussi installer le paquet lib32stdc++6 quand on utilise les pilotes Brother (imprimante HL-L2365DW) sur un système amd64, puisqu'ils sont fournis sous la forme de paquets i386. Pourtant il y a plus d'une piste dans les instructions en ligne. Le plus difficile était que sans lib32stdc++6, tout semble se passer parfaitement sauf que rien ne sort de l'imprimante.

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Debconf cette année, c'est râpé.

Je me réjouissais de la tenue de la 18ème conférence Debian à Taiwan, pour la première fois en Asie, en espérant y participer pour la première fois aussi et profiter de l'absence de décalage horaire, mais voilà, je vais déménager au même moment, à Okinawa, le premier août.

Ce déménagement me donne de la joie pour ce que je vais rejoindre mais aussi de la mélancolie pour ce et ceux que nous allons quitter. Mais il y a des vols très bon marché pour Tôkyô et Yokohama...

Spéciale dédicace pour le cercle d'étude Debian de Tôkyô, où ma première clé GPG a été signée par des développeurs Debian il y a fort longtemps.

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[résolu] Attention à libinput 1.6.0-1

Depuis que j'ai mis à jour ce soir, je ne peux quasiment plus cliquer en tapotant mon pavé tactile. Heureusement, une correction est en route.

m-à-j : Réinstaller les paquets version 1.5.5-4 résout le problème en attendant.

m-à-j : Les paquets version 1.6.2-1, encore dans Sid pour le moment, fonctionnent parfaitement. Merci !

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apt purge ifupdown

...owow, ça marche encore... Je n'avais jamais réalisé que network-manager n'avait pas besoin d'ifupdown.

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Je viens de finir de lire la trilogie des chroniques du Radch.

J'ai beaucoup aimé. Il y a déjà de nombreux commentaires sur Internet (merci à Russ pour m'avoir fait découvrir ces romans), donc je ne m'attarderai pas dans les détails. Et il est difficile de résumer sans dévoiler l'intrigue... En bref :

Le premier tome, La justice de l'ancillaire nous fait visiter plusieurs mondes et cultures et nous donne un aperçu de ce que ça fait d'être un demi-dieu. La culture dominante ne fait aucune différence entre les deux sexes, et la grammaire de son langage n'a pas de genre. Ça donne une touche particulière à l'histoire, car par exemple quand il parle une langue étrangère, le héros a des difficultés pour s'adresser correctement à ses interlocuteurs sans les froisser. Malheureusement, la langue anglaise elle-même utilise peu les genres, donc l'effet littéraire s'en trouve un peu amoindri. Peut-être que sur ce point la traduction française, que je n'ai pas lue, pourrait être plus intéressante ?

le deuxième tome L'épée de l'ancillaire nous raconte comment on peut se dire des choses dans une société de surveillance sans intimité, en variant subtilement la manière de servir le thé. On en boit des litres dans ce tome, dont le principal intérêt est le jeu des relations entre les personnages, et leurs dialogues.

Le troisième tome La miséricorde de l'ancillaire pose la question de ce qui nous rend humains. Parmi les personnages les plus intéressants, il y a un ambassadeur extra-terrestre, qui est une sorte d'humain de synthèse. Au premier abords, il semble complètement étranger, mais à bien y réfléchir, il n'est pas très différent d'un nouveau-né qui comme par miracle saurait parler: au début, le monde n'a aucun sens, et petit à petit, par l'expérience, il déduit son fonctionnement. C'est comme ça que ce personnage finit par comprendre que ce que l'on appelle « la guerre », c'est un phénomène compliqué dont l'une des conséquences est une pénurie de sauce au poisson.

J'étais un peu surpris qu'aucun des livres ne nous emmène au coeur de l'empire du Radch, mais je vois à l'instant sur Wikipédia qu'un autre roman est en préparation... On pourrait spéculer que le Radch central ressemble à un Occident futur dystopique, dans lequel tout le monde est suivi en totalité et en permanence mais se croit heureux, et dont la paix intérieure est garantie par des opérations armées à l'extérieur, exécutées principalement par des robots-tueurs pilotés par des intelligences artificielles. Un futur peut-être pas si lointain ?

Il va sans dire que dans l'empire du Radch, il ne semble pas avoir le moindre logiciel libre. Ça me rappelle que je n'ai pas trop contribué à Debian pendant que je lisais...

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Qui a fini DEP 5 ?

Beaucoup de monde a travaillé à finir DEP 5. Je trouve que le blog de Lars ne montre pas assez l'aspect collectif du processus.

Si l'on regarde dans le texte de la spécification, on y trouve:

The following alphabetical list is incomplete; please suggest missing people:
Russ Allbery, Ben Finney, Sam Hocevar, Steve Langasek, Charles Plessy, Noah
Slater, Jonas Smedegaard, Lars Wirzenius.

Le journal des changements de la charte Debian mentionne:

  * Include the new (optional) copyright format that was drafted as DEP-5.
    This is not yet a final version; that's expected to come in the
    3.9.3.0 release.  Thanks to all the DEP-5 contributors and to Lars
    Wirzenius and Charles Plessy for the integration into the Policy
    package.  (Closes: #609160)

 -- Russ Allbery <rra@debian.org>  Wed, 06 Apr 2011 22:48:55 -0700

et

debian-policy (3.9.3.0) unstable; urgency=low

  [ Russ Allbery ]
  * Update the copyright format document to the version of DEP-5 from the
    DEP web site and apply additional changes from subsequent discussion
    in debian-devel and debian-project.  Revise for clarity, to add more
    examples, and to update the GFDL license versions.  Thanks, Steve
    Langasek, Charles Plessy, Justin B Rye, and Jonathan Nieder.
    (Closes: #658209, #648387)

Pour ma part, je suis très reconnaissant à Bill Alombert d'avoir enregistré le document dans le dépôt Git, ce qui a mis fin aux débats.

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