GBrowse, un navigateur de génomes, est empaqueté pour Debian depuis trois semaines. C'est l'aboutissement d'un travail commencé il y a quatre ans, et je remercie tout particulièrement Olivier Sallou pour avoir débloqué et fini le projet à un moment où je commençait à tourner en rond, et Aaron M. Ucko pour avoir réparé le nouveau paquet, qui n'était pas compatible avec notre ferme de construction.

GBrowse et les logiciels de la même famille, comme IGV, permettent de représenter graphiquement un chromosome et ses annotations, comme la position des gènes et les marqueurs de leur activité, en particulier le résultat d'expériences utilisant le séquençage d'ADN à haut débit. Une tâche Debian Med existe d'ailleurs pour rassembler les programmes utiles dans ce domaine.

D'ici quelques années, il est possible que chaque personne qui le souhaite puisse faire séquencer ses chromosomes, c'est à dire son génome. Cela va révolutionner la médecine — et peut-être briser quelques mythes fondateurs. Même si les logiciels pour le grand public auront certainement une apparence différente, les paquets comme gbrowse sont un premier pas vers un meilleur accès pour le public à ses données médicales.

Le travail continue, avec pour but de pouvoir installer GBrowse et une version de référence du génome humain par une commande comme apt-get install human-genome. La prochaine étape sera de mettre à jour BioPerl, que GBrowse utilise, à la version 1.6.9.